政府一直肯定宗教的社會整合功能，所以多年來除了透過健全宗教法制的管道，也在「宗教一律平等」、「以服務代替管理」、「興利重於防弊」以及「宗教事務自治」等4大原則下，推動宗教政策，希望能為宗教團體營造更為理想的發展環境。不過，相較於政策上的明確性，現行宗教法制卻有不合時宜或者違憲等問題，所以我國宗教法制環境仍然有相當大的完善空間。
（一）現行宗教法制的侷限
現行宗教法制遭遇到的問題，大概可從5個面向來談：
1、現有宗教法制有違宗教平等與宗教自由原則：
民國18年制定之監督寺廟條例與民國25年制定之寺廟登記規則，因時空環境之變遷已不符現代社會所需，在法制上除因不適用於基督宗教之教會堂，有違憲法保障宗教平等之原則。部分條文因著重於寺廟財產之管理，妨礙宗教活動自由，也被大法官宣告違憲。整體而言，監督寺廟條例也牴觸了「公民與政治權利國際公約」保障人權的精神。
2、現有宗教法制並無顧及宗教之特殊性：
依民法或人民團體法所成立之團體，其組織屬性不符宗教傳承及宗教內部規定之需求。民法為基本民事法律，尚難針對宗教團體予以特別修法考量。人民團體法強制人民團體內部運作應有民主與公開的原則，也背離了宗教各教派的傳統。
3、現有宗教行政政出多門而不利管理：
宗教團體分別依監督寺廟條例、民法、人民團體法辦理，宗教行政上多頭馬車管理，政出多門問題無法解決。且無宗教專法將影響下游位階法規命令之訂定，未能落實依法行政原則。
4、現行宗教法制難以解決宗教團體有關困境：
宗教團體稅務、土地、建築物、宗教教義研修機構等問題延宕難解。例如在日治時期就已經存在的寺廟，可能因為受到皇民化運動的壓迫，而導致土地產權有難以認定的情形。
5、一般性法律有侵犯宗教自由之嫌：
各該法律並未能充分考量規範標的涉及宗教核心或次核心行為，無法兼顧宗教特殊性，故有侵犯宗教自由之嫌。例如在傳教機構內的服務人員，與機構之間未必具有勞雇關係，如全職奉獻的出家師父與神父，就難以適用勞動基準法所謂的僱用關係。
（二）健全宗教法制的作為
1、推動宗教團體法的立法工作
基於上述原因，政府多年來始終致力於推動宗教立法工作，並於民國90年起4度將「宗教團體法」草案送立法院審議，至98年4月6日完成審查程序之草案內容，已是採取低度規範並以維護宗教自由平等為基礎。宗教團體法草案內容主要是明定宗教團體法的宗旨、主管機關、性質、定義、種類、發給登記證書及圖記與相關管理辦法；宗教法人財產之登記、讓售、會計、年度決算、免稅規定及其解散後賸餘財產之歸屬；宗教建築物之定義與相關規範；宗教法人之宗教活動違反規定的處置、宗教教義研修機構的許可設立、已依其他法令登記的宗教團體定位問題。
2、健全宗教法制的未來展望
由於現行宗教生態與宗教團體所面臨之困境複雜繁多，宗教團體法草案內容如何能兼顧宗教團體與國家社會整體之發展，仍有諸多的討論與改善空間。因此政府將持續在廣納專家學者的見解，並希望研擬法案時能儘量回應宗教團體與社會大眾關切的問題，以符合大家的期待。
現行中央政府專責宗教業務的單位，只有內政部民政司的宗教輔導科，展望未來，為了擴大對於宗教團體的服務，協助宗教團體健全發展，我們已規劃在政府組織改造之後成立「宗教及禮制司」，希望以全新的面貌，繼續和我們宗教界的朋友共同努力，讓臺灣社會更進步、更美好。
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