宗教自由屬基本人權，國家不得以任何名義進行干預，惟倘出於防止妨礙他人自由、避免緊急危難、維持社會秩序，或增進公共利益所必要者，仍可基於憲法第23條之規定以法律限制之。是以，司法院大法官釋字第573號解釋指出：「人民之宗教信仰自由及財產權，均受憲法之保障……國家固非不得以法律加以規範，惟應符合憲法第23條規定之比例原則及法律明確性原則。」

　　至於國家管制宗教的權限，司法院大法官釋字第490號解釋理由書之說明如下：「內在信仰之自由，涉及思想、言論、信念及精神之層次，應受絕對之保障；其由之而派生之宗教行為之自由與宗教結社之自由，則可能涉及他人之自由與權利，甚至可能影響公共秩序、善良風俗、社會道德與社會責任，因此，僅能受相對之保障。宗教信仰之自由與其他之基本權利，雖同受憲法之保障，亦同受憲法之規範，除內在信仰之自由應受絕對保障，不得加以侵犯或剝奪外，宗教行為之自由與宗教結社之自由，在必要之最小限度內，仍應受國家相關法律之約束，非可以宗教信仰為由而否定國家及法律之存在。」

　　職是，政府的立法行為與管理措施，並不必然即屬侵害人民宗教信仰自由，對於涉及他人權利之宗教個人或團體相關行為，包括宗教行政機關在內之各級目的事業主管機關，均有予以管理約束之憲法依據。

　　茲分述政府管理宗教行為之權責如下：

一、 宗教事務主管機關

二、 各目的事業主管機關