宗教自由屬基本人權,國家不得以任何名義進行干預,惟倘出於防止妨礙他人自由、避免緊急危難、維持社會秩序,或增進公共利益所必要者,仍可基於憲法第23條之規定以法律限制之。是以,司法院大法官釋字第573號解釋指出:「人民之宗教信仰自由及財產權,均受憲法之保障……國家固非不得以法律加以規範,惟應符合憲法第23條規定之比例原則及法律明確性原則。」
至於國家管制宗教的權限,司法院大法官釋字第490號解釋理由書之說明如下:「內在信仰之自由,涉及思想、言論、信念及精神之層次,應受絕對之保障;其由之而派生之宗教行為之自由與宗教結社之自由,則可能涉及他人之自由與權利,甚至可能影響公共秩序、善良風俗、社會道德與社會責任,因此,僅能受相對之保障。宗教信仰之自由與其他之基本權利,雖同受憲法之保障,亦同受憲法之規範,除內在信仰之自由應受絕對保障,不得加以侵犯或剝奪外,宗教行為之自由與宗教結社之自由,在必要之最小限度內,仍應受國家相關法律之約束,非可以宗教信仰為由而否定國家及法律之存在。」
職是,政府的立法行為與管理措施,並不必然即屬侵害人民宗教信仰自由,對於涉及他人權利之宗教個人或團體相關行為,包括宗教行政機關在內之各級目的事業主管機關,均有予以管理約束之憲法依據。
茲分述政府管理宗教行為之權責如下:
一、 宗教事務主管機關
二、 各目的事業主管機關